Модуль содержит продвинутые механизмы для ускорения обмена. Самый простой из них - разделение обмена на параллельные обмены. Более сложный механизм, с выгрузкой только цен и остатков описан в статье про стандартные настройки. 

Если у вас на сайте несколько каталогов, то разделить выгрузку на несколько разных очень легко.

 

В таком случае решение очень простое. Надо создать 5 отдельных обменов на каждый каталог.

В случае, когда инфоблоки отдельные, как показано выше. Деактивацию можно включить.

В случае, если аналогично выгружаются параллельно разные разделы в один инфоблок, деактивацию включать не надо. Параллельная выгрузка в один и тот же инфоблок разных разделов может некорректно работать с деактивацией.